根據憲政慣例，新國會二月一日開議後，內閣必須總辭改組，例如民進黨二○○四年底輸掉國會選舉，游錫堃次年一月底總辭、謝長廷繼任閣揆；不過，二○○七年立委時，民進黨立委選舉大敗，張俊雄內閣總辭，卻被扁退回。

國民黨黨政人士認為，內閣依慣例在新一屆國會上任前提出總辭，憲法並沒有硬性規定內閣一定要總辭；根據府院高層默契，內閣改組不必急於二月一日前完成，可拉長到五月，讓內閣改組作業更完備。換言之，吳敦義選後銷假上班，將成為中華民國憲政史上第一位以副總統當選人身分兼任行政院長案例，未來內閣人事布局調整，馬英九也會尊重吳敦義的意見。

有關內閣改組方向，據轉述，大方向以世代交替為原則，目前已知新閣揆陳冲扶正機會頗濃，內政部長江宜樺雖被視為閣揆黑馬，黨內也傳出正副院長「陳江配」的呼聲。

由於歐債風暴危機未解，新內閣仍以拚經濟優先，陳冲搭配江宜樺的可能性不低；至於經建會主委劉憶如，大選期間主打宇昌案被形容是「自走炮」，讓高層有所顧忌。

國民黨祕書長廖了以、立法院副院長曾永權也被視為閣揆黑馬人選，但藍營內部推測，從世代交替脈絡看，兩人接掌閣揆機會不高。

此外，新內閣人事布局必須配合中央政府組織再造，目前除法務部、客委會五個中央部會上路，文化部預定五二○上路，屆時第一任文化部部長也將配合這波內閣改組，正式對外宣布。

在原有吳內閣，包括經濟部長施顏祥、財政部長李述德、勞委會主委王如玄多次被馬英九點名稱讚，留任機會頗高；兩岸、外交人事布局也頗受關注。黨政人士直言「馬第二任期要繳出成績，陸委會是重中之重。」