以一般人想法而言，空腹時的胃酸存量必然較少，或許此刻服用益生菌亦較不會被胃酸破壞，但某些「胃食道逆流疾病」罹患者其絕大部份處於「高胃酸」狀態，此類人口群在空腹時所殘留的胃酸亦比一般人多，可想而知益生菌在此刻空腹時服用亦較易被胃酸破壞。
空腹胃酸高 恐殺滅益生菌
人體在空腹時的胃液pH值約在0.8～2之間，在如此高酸環境中，不難想像胃酸會將益生菌全數殺滅。反之，在進食時的胃壁細胞亦會被刺激而大量分泌胃酸出來，但由於食物本身即扮演著緩衝稀釋胃酸的角色，其中真正胃酸含量並不會太高（大約在pH 4～7之間），因此在餐間或隨餐服用益生菌亦不會礙事。此外，約有半數的人並不習慣在空腹時服用某些藥物，因其易產生腸胃不適。
胃酸pH值1.5～3.0時 益生菌的存活時間不到3小時
由生理學的研究發現，益生菌在pH值1.5～3.0的胃酸環境中，其存活期不到3小時，而在pH 1.0的胃酸環境中逗留1個小時，則會完全被殲滅。再者，益生菌在濃度1.5％的膽汁中，其存活時間亦不到3小時。
益生菌宜在此三個時段服用 避免與熱食混合服用
由此看來，最適合吃益生菌的時間應是在餐間服用、隨餐服用或餐後立即服用，此段時刻既沒有胃酸分泌太多的問題，也不會有空腹服用時的不適感，而益生菌更不易被胃酸破壞；此外，益生菌亦儘量避免與熱食混合服用，以免被破壞。
施行內視鏡時順勢將益生菌灌注注於大腸內
事實上，益生菌在經由口服途徑進入胃腸道後，難免會受到胃內強酸以及小腸內鹼性膽鹽及胰液消化液的破壞，而僅有20～40％的益生菌能夠安然到達大腸黏膜上，亦僅有不到5～10％的口服益生菌會黏附在大腸管壁上；因此，近年來亦有些胃腸專科醫師會在施行大腸纖維內視鏡之便，將益生菌順便灌注入大腸內，以達成益生菌全數移植到大腸黏膜上的目的。
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