咖啡之所以能減輕肝病惡化，據推論可能是喝咖啡較不會罹患糖尿病，而糖尿病與肝病，如脂肪肝息息相關。也有推論是咖啡能夠減輕人體內的發炎反應，可以和緩肝臟發炎，因此也就能夠減少肝臟纖維化及肝硬化的發生。第三種推論則是咖啡具有抗氧化作用，有助於減輕對肝臟的損害。
此外，關於老鼠的動物研究，咖啡因被證實是可以抑制肝癌。除了咖啡因外，咖啡內的多種化合物，包括二萜及多酚，或許也都有些作用，但仍有待進一步的研究。
日本曾針對9萬名的東京都市人口進行研究，發現B、C型肝炎患者喝咖啡和降低肝硬化和肝炎風險有著劑量關係，每天喝1杯咖啡，可降低肝硬化、肝炎的機率至78%，喝2杯咖啡，風險降低至一半，若一天喝4杯咖啡，風險可降到25%。
瑞典的相關研究推測，原因可能是咖啡生豆裡的綠原酸，但綠原酸會隨著烘焙的溫度而減少，因此若想保肝，喝重烘焙和無咖啡因的咖啡可能無效。咖啡的綠原酸含量多寡，與沖泡的方式有關，較淺焙的美式咖啡綠原酸含量最多，其次是義式咖啡、虹吸咖啡，最後是冰滴法的冰滴咖啡。
喝咖啡有助於降低膽結石
咖啡在膽結石的流行病學研究尚未定論，Zhang等人做一個系統回顧， 分析了1個病例對照研究和5個前瞻性世代研究，共有227,749名參與者和11,477個膽結石病例。其中，前瞻性研究發現咖啡可顯著降低女性罹患膽結石的風險，但在男性則無此效果，但該病例對照研究並未發現咖啡和膽結石間有任何關係。
然而，在劑量反應（dose-response）分析上，發現與喝最少咖啡者相比，每天喝2、4和6杯咖啡者，膽石病的相對風險分別為0.89（95％CI 0.79-0.99）、0.81（95％CI 0.72-0.92）和0.75（95％CI 0.64-0.88），表示喝咖啡可降低膽結石的風險。（其中，相對風險數值小於1.0， 表示風險較低，95％信賴區間未跨越1.0，表達統計學上顯著差異，其機率［p］值會< 0.05。）
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