南鯤鯓代天府奉祀有五府千歲、觀音佛祖和萬善爺（囝仔仙）等諸神。五王建廟所在的南鯤鯓沙汕，在地理風水上屬於「浮水金獅活穴」，佔地約五萬九千餘坪。

清康熙元年（1662）完工，稱為「南鯤鯓廟」，因是開台首廟，所以也叫做「開山廟」，而五府千歲也因而被尊為「南鯤鯓王」。嘉慶22年（1817）丁丑2月正式動工重修。由麻豆民婦郭鳳，捐獻白銀1千兩，使得工程能夠順利進行。道光2（1822）年6月6日完工，取名為「南鯤鯓代天府」。

目前廟貌為民國12年（1923）至民國26年（1937）所建。木、磚、石、咾咕石混造而成的南式宮殿建築。

三川殿的重簷燕尾、拜殿的八角轎式屋頂、正殿的歇山燕尾、拜殿 西施水型馬背、後殿燕尾，線條流暢一氣呵成。

三川步口石雕作品為大陸石刻名匠蔣馨精雕的佳作，木雕為溪底派益順師的傑作─網目斗拱、計心斗拱、蜘蛛結網亭。屋頂及水車睹的剪黏由台南名師葉鬃所作，作品面部表情逼真，比例和諧。

主殿背後一面牆是由澎湖咾咕石一塊塊堆砌成金錢幣之狀，亦稱「金錢壁」，極具特色。剪黏：廟頂的重簷燕尾、八角轎式屋頂、水型馬背，還有現已殘缺古拙的剪黏作品，盡是匠師的拿手絕活，也是南鯤鯓廟的歲月痕跡。

石雕，三川步口蔣氏石匠幫的石雕作品，洋溢著不平凡的藝術氣息，青斗石細膩的絞理，搭配著一齣齣歷史章品小說，是藝術之美，也是警世教化的看板。

木作，蜘蛛結網亭，是由無數小塊香木榫接而成，是南鯤鯓廟引以自豪的木作，也是王益順在建築藝術的大巨構。殿內左右兩側疊斗式建築架構，無一不是精雕細琢，由於長久香火鼎盛，所有「木作」都染上一層歲月痕跡。

拚了一整年，走過激戰的五都大選，部份民眾內心難免有些累，南鯤鯓代天府內有仿閩南式香客套房，槺榔山莊建築用材多半採用台灣檜木，散發檜木香味，會讓人快速恢復疲勞，山莊內附有當地特色花跳魚等料理，吃、住和玩都沒問題，最重要的是有五府千歲的加持和保佑，值得信眾或遊客前往。