台灣環境資訊協會公布二○一○年台灣珊瑚礁總體檢，高度開發後的小琉球珊瑚礁狀態最差，連十％的覆蓋率都不到；綠島海域則有黑海綿病肆虐；台東杉原海灣則因為去年莫拉克颱風把山林土石沖落海洋，泥砂覆蓋珊瑚礁，讓珊瑚蒙塵、快喘不過氣。
綠島海域有黑海綿病肆虐
台灣環境資訊協會今年六月到十月，動員百人次的潛水志工，調查東北角、台東杉原、綠島、蘭嶼、澎湖東嶼坪、小琉球等六個地點的活珊瑚覆蓋率。發現指標性魚類及經濟性無脊椎動物幾乎絕跡。與去年相比，澎湖東嶼坪、綠島的活體珊瑚覆蓋率維持原來水準，但原來已經狀況不佳的小琉球，監測結果卻是越走越下坡。
珊瑚礁總體檢行動科學指導員林育朱指出，國際珊瑚健康狀況的標準，是以活體珊瑚的覆蓋面積來判定，五十至七十五％的覆蓋率為「優質」，二十五至五十％為「尚可」，而二十五％以下為「劣」。台灣珊瑚礁整體健康狀況尚可，但小琉球狀況很糟。
台灣環境資訊協會秘書長陳瑞賓說，珊瑚礁等同於陸地森林，許多生物依其而生，珊瑚生死存亡，影響珊瑚礁生態系平衡，連帶影響相關產業。
台東杉原海灣珊瑚蒙塵
具侵蝕性、會破壞珊瑚礁生態的黑海綿，摸起來類似海綿薄膜，不只覆蓋珊瑚，也會長在其它像是岩石等基質，由於具侵蝕性，會破壞珊瑚礁生態。為何綠島海域出現黑海綿病？中研院生物多樣性中心研究助理郭兆揚表示，目前認為應與生活廢水污染有關，除綠島海域有黑海綿病肆虐，現在於距離人類聚落較遠的綠島將軍岩地區也已發現。而東北角龍洞出現藻類爆發現象，顯示水中營養過剩，是水質變差的指標之一。
環境信託中心主任孫秀如曾見過約一個球場大小的珊瑚礁滿佈廢棄魚網纏繞在礁盤及珊瑚上，呼籲政府規劃海洋保護區並加速海岸法通過。
農委會表示，已持續進行珊瑚礁的魚網清除計畫，卡在珊瑚礁上的魚網是以小船的流刺網為主，幾年前澎湖縣政府就已經禁止三層流刺網使用，其他縣市是否跟進？要看地方政府的態度。
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